根据我国的相关法律法规，农业机械维修技术合格证的核发主体是国家农业机械化管理部门。这个部门的职责是负责农业机械化的规划、管理和监督，其中包括对农业机械维修技术的认定和管理。
具体来说，国家农业机械化管理部门会制定一系列的技术标准和评定要求，通过组织专家对申请人的技能水平进行评定，最终决定是否核发农业机械维修技术合格证。
而在地方层面，农业机械维修技术合格证的核发也需要地方农业机械化管理机构的配合和参与。这是因为地方农业机械化管理机构更了解当地的实际情况和需要，可以对农业机械维修技术进行更具体的评定和监督。