用有机肥代替部分化肥，可提高土壤有机质的含量，丰富有机质种类，进而提高土壤肥力。有机肥主要是由各种动植物残体、代谢产物、生物肥料等组成，本身就含有大量植物生产需要的微量元素、元素等。有机肥代替部分化肥施进土壤后，经过一段时间会在微生物的作用下腐解，腐解后会产生大量土壤农作物生长需要的营养物质。同时，为微生物的繁殖提供能量和养料，微生物数量和种类的增多，会增加土壤氮、磷、钾、铁、钙等营养元素的含量，提高土壤的肥力。
部分替代即可增产又可提高化肥利用率，还对土壤团粒结构形成有利。
用有机肥替代部分化肥，可提高土壤有机质含量、提高化肥利用率，可促进土壤团粒结构形成、提高通透性，促进作物生长发育，从而达到增产效果。
有机肥可以改良土壤结构，但有机肥含氮磷钾少，不能替代化肥，否则产量会受影响。