病原在病僵果、坏死组织内芽鳞片间越冬。条件适宜时通过气流传播，在苹果开花期通过柱头侵入危害。[1]苹果花开以后，在果园内及树体周围环境中广泛存在的各种真菌孢子，借助气流及昆虫传播到苹果花柱等花蕊组织上，随着花朵开放率的增长和开放时间的延长。花柱被侵染的比率迅速增高。病菌在花柱组织上定居后，逐渐通过枯死的花柱和开放的萼筒与心室之间的通道侵入果实心室。
病原菌能以菌丝形式寄生在寄主的芽、枝条、僵果、树体、落叶，园中杂草上或以孢子的形式潜藏在寄主芽的鳞片上越冬。据研究，苹果花芽各层鳞片都带有链格孢菌，带菌率由外层向内层逐层递减，芽心花原始体不带病菌。
从专对苹果霉心病的发病规律作了细致的阐述，有助于学认识预防。