很多猪衣原体感染均为隐性感染，但是呼吸道和全身感染可导致食欲不振，体温高达39~41℃,可能出现呼吸困难、肺炎或关节炎，并持续4~8d。
怀孕母猪感染后引起早产、死胎、流产、胎衣不下、不孕症及产下弱仔或木乃伊胎。初产母猪发病率高，一般可达40%～90%，早产多发生在临产前几周(妊娠100～104天)发生，妊娠中期（50～80天）的母猪也可发生流产。母猪流产前一般无任何表现，体温正常，也有的表现出体温升高（39.5～41.5℃）。
怀孕母猪感染后引起早产、死胎、流产、胎衣不下、不孕症及产下弱仔或木乃伊胎。初产母猪发病率高，一般可达40%～90%，早产多发生在临产前几周(妊娠100～104天)发生，妊娠中期（50～80天）的母猪也可发生流产。母猪流产前一般无任何表现，体温正常，也有的表现出体温升高（39.5～41.5℃）。产出仔猪部分或全部死亡，活仔多体弱、初生重小、拱奶无力，多数在出生后数小时至1～2日死亡，死亡率有时高达70%。公猪生殖系统感染，可出现睾丸炎、附睾炎、尿道炎等生殖道疾病，有时伴有慢性肺炎。
1.后备母猪出现鼻涕样排出物，无臭味。2.母猪返情率偏高，胎盘上会出现白斑或绿豆大小出血斑。3.母猪在分娩后3-5天会出现恶露增加的现象，在恶露中夹杂有较多的鼻涕样分泌物。
流产型怀孕母猪感染后引起早产、死胎、流产、胎衣不下、不孕症及产下弱仔或木乃伊胎。初产母猪发病率高，一般可达40%～90%，早产多发生在临产前几周(妊娠100～104天)发生，妊娠中期（50～80天）的母猪也可发生流产。
猪衣原体感染的症状:大多数为隐性感染。少数猪感染后，经过3~11天的潜伏期，可出现食欲不振，体温升高。仔猪有肺炎症状，有些猪有多发性关节炎，肠炎（腹泻），结膜炎等症状。怀孕母猪可发生流产、死胎及弱胎。公猪可出现睾丸炎、附睾炎或尿道炎。
病猪发病突然，体温一般升高至40.5℃-41.0℃，最高达42℃，呈稽留热，食欲下降，甚至废绝；部分病猪咳嗽，呼吸困难，呈腹式呼吸；鼻腔流鼻涕，病程稍长的流脓性分泌物；眼结膜潮红，流泪，严重者眼睑水肿，眼角分泌物多；粪便干燥，偶带肠粘液；尿黄赤，偶有带血。刚产下仔猪体弱，拉黄痢，脱水，吮乳无力，死亡率高；怀孕母猪除皮肤潮红、体温升高、呼吸快、鼻腔分泌物增加外，主要表现后期流产严重，产死胎、产弱仔；有的仔猪出现神经症状，盲目冲撞、转圈。
主要有流产型、关节炎型、支气管肺炎型和肠炎型，表现为妊娠母猪流产、死产和产弱仔，新生仔猪肺炎、肠炎、胸膜炎、心包炎、关节炎，种公猪睾丸炎等。治疗以隔离病猪，深埋感染猪以及抗生素对症治疗。
临诊上可表现为妊娠母猪流产、死产和产弱仔，新生仔猪肺炎、肠炎、胸膜炎、心包炎、关节炎，种公猪睾丸炎等。常因菌株毒力，猪性别、年龄、生理状况和环境的变化而出现不同的征候群。
该病的潜伏期长短不一，短则几天，长则可达数周乃至数月。依据临诊表现，可分为流产型、肺炎型、关节炎型和肠炎型等。