芝麻花期要及时喷施阿维菌素、哒螨灵之类的药剂防治红蜘蛛，蚜虫等病虫害。
芝麻常见的害虫有地老虎、蚜虫、甜菜夜蛾等，如果播前已拌种，能够有效预防一些害虫的危害，如果生长过程中，田间出现害虫，要及时喷药防治，地老虎可使用辛硫磷、溴氰菊酯在傍晚时候喷雾防治，蚜虫可喷施吡虫啉、啶虫脒、噻虫嗪等药剂，甜菜夜蛾可喷施甲维盐、虫酰肼、茚虫威、虱螨脲等药剂。芝麻常见的病害有枯萎病、茎点枯病、叶枯病、立枯病、青枯病等，病害以预防为主，不要等田间大面积发生后才开始防治，会影响芝麻的品质和产量。不同种类的病害，在预防和防治过程中，选择的杀菌剂也会有区别，可用药剂有多菌灵、戊唑醇、吡唑醚菌酯、苯醚甲环唑、甲基硫菌灵等等。