要实现烟叶优质生产，就必须认真防治病害。随着市场经济发展和生活水平的提高，人们对卷烟产品的要求也越来越高，对烟叶质量的要求也就更高。烟草病毒病主要有普通花叶病，黄瓜花叶病，马铃薯Y病毒。
选用无毒良种育苗，在良种繁育、加工过程中，防止带毒烟草种子混入，造成交叉感染;在育苗前，严格按规定的程序操作。如是裸种育苗，搓种、消毒、漂洗、催芽要依次进行，要按规定选择消毒药剂，掌握好消毒浓度，从源头堵住病毒病的传染。
做好苗床管理工作，从根源上杜绝烟苗病毒病的发生。苗床管理期间，要有专人管理，无关人员不得进入;不得在苗床内吸烟;烟头不得带进苗床;吸烟后或进入苗床前要用肥皂、流水洗手;大棚育苗要设严密的防虫网，防止蚜虫进入;剪叶工具定时消毒，交替使用;剪叶前、后及时喷施新高脂膜防病毒感染。
平衡施肥，少施氮肥，增施磷、钾肥、微肥和有机肥料，结合使用新高脂膜，诱导烟株本身产生抗逆性，提高烟株的适应性，增强烟株免疫力。
驱避、消灭蚜虫、叶蝉、粉虱等传播媒介。烟田使用银灰地膜，可有效驱避蚜虫;及时打顶抹杈，清除幼嫩组织，减少蚜量;在蚜虫、叶蝉、粉虱迁飞高峰期施放蚜茧蜂等天敌;喷洒杀虫药剂，消灭蚜虫等传毒害虫;实行麦套烟种植模式，使蚜虫首先迁飞到麦田，减少蚜虫传毒的机会。杜绝人为机械摩擦传毒，及时清除感病烟株。搞好田间卫生，病残株清出烟田后，喷施护树大将军消毒，做集中消毒、填埋处理。烟株感染病毒病初期，喷洒防治药剂进行防治。