可用百菌清或多菌灵喷打防治。
可喷75%百菌清可湿性粉剂600倍液，或50%施保功可湿性粉剂1500-2500倍液。
1.生物防治：枯草芽孢杆菌、地衣芽孢杆菌、荧光假单胞菌对炭疽病菌的生长有抑制作用,田间实际运用注意使用方法和使用时期。2.化学防治：贯彻“预防为主，综合防治”的植保方针，搞好炭疽病发病前或果实着色前的药剂防治。药剂可选用甲基硫菌灵、氟硅唑、多·福·溴菌、咪鲜胺锰盐、苯甲·嘧菌酯、氟菌·肟菌酯、咪鲜胺。由于炭疽病主要为害果实，最好做到摘除病果后再打药，若打药后下雨则雨后需补施。
防止辣椒炭疽病的药物很多，如炭疽福美、百菌清等。
用百菌清，多菌灵，甲基托布津交替使用。