药剂防治：喷药防治：病害发生后，结合气候条件，加强病情调查，及时药剂防治是生产上比较有效的控制措施。大豆菌核病病菌子囊盘发生期与大豆开花期的重叠盛期是大豆菌核病的防治适期。喷施50%速克或40%菌核净可湿性粉剂1000倍液；50%扑海因可湿性粉剂1200倍液；可喷施50%多菌灵可湿性粉剂500倍液，用药量600千克/公顷。研究试验表明，农利灵和速克灵防效最好，分别为93.4%和91.8%最佳喷药时期为大豆开花接荚期。两次喷药效果明显高于一次喷药，两种药剂混用（农利灵+速克灵）防效明显高于一种药剂单用，扑海因和甲基托布津还有增产作用。除此之外，有的药剂可以减轻病害发生，但却不一定提高大豆产量。
在发病初期用50%速克灵或40%菌核净可湿性粉剂1000倍液喷雾防治。