小麦抽穗、扬花期间的气候，对散黑穗病的侵染有很大影响。风有利于病菌孢子的飞散和传播；大雨易将孢子淋落土壤中；空气干燥不利于病菌萌发。小麦扬花期，田间气温常常在病菌萌发和侵入寄主要求的适温范围之内，因此湿度是影响侵入的关键因素。如此时空气湿度大、多雾或经常下雨，则有利于病菌孢子的萌发和侵入。
病菌以冬抱子在土壤或沾附于种子上越夏，引起下一年发病。远距离传播主要依靠种子，发病轻重主要决定种子带菌率的高低。
小麦三种黑穗病均为真菌性病害，病原物分别为腥黑粉菌、散黑粉菌、条黑粉菌。小麦腥黑穗和秆黑粉病菌以厚垣孢子在种子表面及土壤、粪肥中越冬越夏；小麦散黑穗病以菌丝潜伏于小麦种胚中越冬、越夏。三种黑穗病菌侵染方式也有所不同，小麦腥黑穗病和秆黑粉病菌都是从土中种子萌发后的幼芽芽鞘处侵入并进入生长点，随植株的生长而在寄主体内系统扩展，后期在穗部（腥黑穗病）和茎、叶、叶鞘等处（秆黑粉病）表现症状。
小麦黑穗病为种子带菌，在播种时用一拌灵等拌种效果明显。
小麦抽穗，病为种子带菌，在播种前时用一拌灵等拌种效果明显。
小麦黑穗病，一是种子带毒，二是土壤中带菌，农家肥带菌，防治的方法是种子消毒，包衣，农家肥堆沤消毒，适时播种，苗期预防。
首先种子带菌率是影响病害发生的重要因素，种子带菌率高发病就重。其次小麦扬花期，空气湿度大、多雾或经常下小雨，则有利于病害发生，当年种子带菌率就高，第二年发病就重。但大雨易将孢子淋落土壤中，从而减少病菌的传播。风有利于病菌孢子的飞散和传播。
小麦黑穗病是因为种子不好照成的。