预防黄瓜黑斑病在播前应将种子进行消毒，种植过程中增施磷钾肥，提高植株抗病力。发病初期使用农药防治，可采用百菌清或克菌丹可湿粉剂进行喷施，隔7至9天一次，连续用药2至3次。
奥力克速净500倍稀释，7天一次。
选用无病种瓜留种。用55℃恒温水浸种15分钟后，立即放入冷水中冷却然后播种。播种前、移栽前，清除田间及四周杂草，集中烧毁、沤肥。和非本科作物轮作，水旱轮作最好。育苗移栽，苗床床底撒施薄薄一层药土，播种后用药土覆盖，移栽前喷施一次除虫灭菌剂。土壤病菌多、地下害虫严重的田块，在播种前穴施、沟施灭菌杀虫的药土。棚室栽培的，采用放风排湿、控制灌水等措施降低棚内湿度，减少叶面结露，白天控温28-30℃，夜间15℃，相对湿度低于65%。避免在阴雨天气整枝，及时防治害虫，减少植株伤口，减少病菌传播途径，发病时及时防治，并清除病叶、病株，带出田外烧毀，病穴施药、生石灰。
选用无病菌种子，进行合理的轮作，增施有机肥，提高植株抗病能力。