建议在坐果的时候，把防落素或者是坐果灵里面加入千分之一的速克灵或扑海因，还有灰霉克、前程，只要是杀灰霉病的药都可以，千分之一浓度就可以，这个是一个非常有效的防治灰霉病发生和传播的一个途径。还有一个农艺措施，那就是在果实坐住果以后，把残花人工摘掉，这就把灰霉病的侵染点给去除了，防治率能打到70%以上。植株下部的老叶片，尽量早打掉，这样增加植株的通风性，透光通风比较好一些，必然发病的几率也比较低。
针对番茄灰霉病发生特点，在关键时期、选择适合的药剂种类科学防治。在番茄蘸花时，在配好的蘸花稀释液中，按0.1%的用量加入50%腐霉利可湿性粉剂、或50%多霉威可湿性粉剂等预防病菌侵染。番茄定植前，选用50%多菌灵可湿性粉剂500倍液、或50%速克灵可湿性粉剂500倍液喷雾彻底消毒一次，减少病原菌数量。发病初期选用50%速克灵活可湿性粉剂2000倍液、或50%多菌灵可湿性粉剂500倍液、或50%扑海因可湿性粉剂1500倍液，进行喷雾防治，每隔7～10天一次，连续2～3次。
一是整地前清除上茬残枝败叶减少菌源；二是大棚定植前高温闷棚和熏蒸消毒，利用夏秋休闲高温季节，密闭大棚。霉止70毫升加沃丰素25ml兑水30斤连喷2-3次，3天喷施1次，预防灰霉病。
提倡小高畦地膜覆盖栽培，推行滴灌技术，降低湿度减少病情。浇水应在晴天上午进行，防止过量。发病初期适当节制浇水。浇水后注意放风排湿。发病后及时摘除病果、病叶并加以妥善处理，防止病菌飞散传播。果实采收后和在幼苗定植前彻清除病残体，清洁田园减少病菌侵染。
喷洒50%扑海因可湿性粉剂2000倍液加50%甲基托布津可湿性粉剂1000倍液，或65%抗霉威可湿性粉剂1000-1500倍液。有利于提高防效，降低成本，延缓抗药性。
药剂防治，发病初期及时摘除病叶、枝、芽和带病的花蕾，然后喷洒50%代森铵800～1000倍液。喷药重点除患部外，还有土壤表面。每隔15天左右喷一次，连续喷2～3次，即能取得良好防治效果。
药剂防治：50%速克灵可湿性粉剂1500～2000倍液，或40%多硫悬浮剂400倍液，或50%扑海因可湿性粉剂1000～1500倍液，或70%甲基托布津800～1000倍液等，隔7～10天喷一次，连续喷3～4次。要注意病菌容易产生耐药性，因此在一个生长期内不可使用同一种药剂，而需将上述药剂轮换使用。