玉米黑穗病用15%粉锈宁可湿性粉剂1千克拌种200千克，或50%敌克松可湿性粉剂1千克拌种125千克，或50%福美双可湿性粉剂1千克拌种500千克，或12.5%的烯唑醇（速保利）可湿性粉剂1千克拌种330千克。
玉米丝黑穗病可以用迪可松防治。
（1）选用抗病品种；（2）适期抢墒播种，防止出苗缓慢；（3）施用充分腐熟的农家肥，防治肥料带菌；（4）做好种子包衣（5）在发病早期及时拔除病株，显症后在菌瘿破裂前，彻底清除病株并深埋或烧毁，防止越冬孢子散落增加来年的病原基数。
一般玉米抽穗期间喷施多菌灵，甲基硫菌灵，苯甲.丙环唑，苯甲.嘧菌酯能有效预防。