番茄枯萎病的发病症状：田间发病多在开花结果期始发，发病初期仅茎的一侧自下而上出现凹陷区，致一侧叶片发黄，变褐后枯死，但枝叶不脱落；有的半个叶序或半边叶萎蔫、发黄，另一半边枝上叶片正常（别于青枯病）。也有的从植株距地面近的叶序始发，逐渐向上蔓延，除顶端几片叶完好外，其余均枯死。剖视茎、叶柄及果柄，可见其维管束均呈褐色。湿度大时，病部产生粉红色霉层。本病的病程进展较慢，一般15~30天才枯死，无乳白色黏液流出（区别于青枯病）。
发病初期，植株中、下部叶片在中午前后萎蔫，早、晚尚可恢复，以后萎蔫症状逐渐加重，叶片自下而上逐渐变黄，不脱落，直至枯死。