腐熟后生物菌更活跃，有机物更充分。
有机肥腐熟后才能杀死病虫卵及草籽。
粪便腐熟可以杀死病菌肥效也更高。
充分腐熟能杀灭虫卵，提高肥效。
未经充分腐熟的粪便施用于农作物，可能会导致粪便在腐熟过程中发热而烧根。
有机肥腐熟后才可以杀死草籽和病虫卵。
腐熟发酵：1、可提高肥效。2、减少病菌。3、减少害虫虫卵寄生。
粪便等有机肥不经充分腐熟，容易带病菌，致使作物染病，还容易使作物发生沤根，使作物死亡，因此要充分腐熟。
粪便充分腐熟可以杀死粪便中的虫卵和有害生物。未腐熟的粪便发酵可产生大量热量，易烧根。
机肥腐熟过程是养分释放的过程。有机肥中的养分绝大部分是迟效的，作物不能直接利用，腐熟过程是养分有效化的过程。有机肥腐熟过程也是杀灭病菌、虫卵、杂草种子的过程。未腐熟的有机肥施入土壤，会传播病菌和虫卵、滋生杂草。未腐熟的有机肥施入土壤也会逐渐腐熟，在这一过程中会释放出大量的热能，造成种子周围温度过高，容易“烧苗”。