注重土壤管理，增施有机肥、菌肥，配合淋施海精灵生物刺激剂根施型，以改良土壤环境，壮大有益菌群，起到以菌治菌的作用。
百香果茎基腐病主要用多菌灵和菌肥。
百香果茎基腐病预防方法：1、选用较为抗病的百香果品种，如杂交品种。2、加强果园的的管理，如不偏施氮肥、做好园内的浇水、排水工作，科学对果树修剪，及时清理园内病叶、病枝减少病源。3、在果园内采用化学除草，人工除草时要注意避免伤及植株茎基部。4、在冬季百香果茎基部用石灰硫磺水涂茎基部防病防冻。5、在每年高温高湿季节（5~8月）在百香果根颈部涂抹或喷施70%甲基托布津可湿性粉剂500倍液，间隔15天左右，连续2~3次可预防茎基腐病的发生。