因为自然界里到处有微生物的存在，如空气、所有原料、水以及一切用具和器具的表面，这些微生物对食用菌菌种而言，都属于有害菌，即通常所说的杂菌。菌种要求绝对不能染上杂菌，所以必须进行严格灭菌。
1、加热灭菌法普遍使用的是常压一次灭菌法，所需设备简单、投资少、成本低，适合我国农村使用。此法只要砌一个锅灶，买一口大锅，做几个蒸笼就可以了。把待杀菌的物品放入蒸笼里，从上气开始，保持蒸煮6-8小时，即可达到灭菌的目的。
2、紫外线灭菌法开紫外灯30-40分钟，基本上可达杀菌目的，距照射物的距离以不超过1.2米为宜。注意紫外线对人体有伤害作用，所以不能用眼睛直视开着的紫外线灯，也不能开着灯工作。