引起两种病害的病原菌不同。炭疽病病原菌：属半知菌亚门，毛盘孢属的草莓炭疽菌，属于低等真菌。具体是由胶孢炭疽菌、尖孢炭疽菌或草莓炭疽菌侵染所引起，可侵染草莓的根部、叶部和茎蔓，均可在适宜的发病条件下表现症状；根腐病病原菌：多达20多种（土壤复杂的环境所致），但是都属于低等真菌，生存在土壤中营腐生生活，在环境的协同作用下导致草莓发病，仅仅危害草莓的根部，地上部位表现的症状是由于根系受损后影响生长所致。
1、整体表现：炭疽病无明显矮化，根腐病呈矮化萎缩状。2、叶片表现：炭疽病可侵染匍匐茎、叶柄、叶片、托叶，从匍匐茎侵染的较多，有明显的黑色斑点。根腐病主要是侵染根部，下部老叶叶缘变紫红色或紫褐色，逐渐向上扩展，无明显的斑点状。3、根系表现：炭疽病：病株不易拔起，根系正常，从外向内侵染。根腐病：病株易于拔起，根系颜色呈黑色或者暗褐色，腐烂状，从内向外侵染。根系比健康植株根系短小，新生根受到病原菌的侵害时生长稀疏。