加强预测预报，适时进行绿色防控。
小麦锈病防治方法选用抗病，轮做做倒茬。
一般是农业防治和化学防治。
小麦锈病防治方法:农业防治选择高抗品种、合理密植、加强水肥管理；化学防治用粉锈宁可湿性粉剂喷施防治。
一、整地选种。深耕土地，施足底肥，灌好底墒。选取抗锈丰产良种，用新高脂膜加种衣剂拌种（能驱避地下病虫，隔离病毒感染，不影响萌发吸胀功能，加强呼吸强度，提高种子发芽率），适时按要求播种。下种后在土壤表面喷雾新高脂膜，可保墒保肥、防土层板结，提高出苗率。二、田间管理。①及时铲除自生麦苗，可减少大量越夏菌源，减轻锈病为害。②作物生长期间，要按照作物需求，及时合理给水、施肥，追肥避免氮肥过多，增施磷、钾肥促进小麦植株生长健壮，抗病高产。③在孕穗期要喷施壮穗灵，强化作物生理机能，提高授粉、灌浆质量，增加千粒重。三、药剂防治。做好监测，发病期，按植保要求喷雾针对性药剂加新高脂膜进行防治。
防治小麦秆锈病应选用抗病品种，加强田间管理，并在发病后选用化学药剂进行防治，比如速保利可湿性粉剂或粉锈宁乳油、粉锈宁可湿性粉剂喷雾，施用时控制好药量，避免药害。
选用抗病品种，加强肥水管理，药剂防治。
小麦锈病的防治应贯彻“预防为主，综合防治”的植保方针，严把“越夏菌源控制”、“秋苗病情控制”和“春季应急防治”三道防线，做到发现一点，保护一片，点片防治与普治相结合，群防群治与统防统治“一喷三防”相结合等多项措施综合运用；坚持综合治理与越夏菌源的生态控制相结合和选用抗病品种与药剂防治相结合，把损失压低到最低限度。
(1)因地制宜种植抗病品种，这是防治小麦锈病的基本措施。(2)小麦收获后及时翻耕灭茬，消灭自生麦苗,减少越夏菌源。(3)搞好大区抗病品种合理布局，切断菌源传播路线。