由于小肠球虫在肠黏膜下的大量生长繁殖，可导致肠黏膜增厚、肠壁有出血点、肠黏膜脱落等病变，使肠道内饲料中的营养几乎不能被吸收，同时对水分的吸收也明显下降，所以患鸡尽管大量饮水，但机体还是会出现脱水现象，这也是引起粪便稀、粪中含有未消化饲料的重要原因之一。
主要病原有小肠球虫感染，细菌感染，病毒感染，肠道内酸碱平衡失调，电解质大量流失，自体中毒，饲料因素，药物中毒。
肠毒综合征主要病原为霉菌、大肠杆菌、小肠球虫、梭菌等，临床中较常见的症状是排肉丝样、西红柿样便，粪便中含有未消化的饲料，震颤、乱窜、起跳、尖叫、兴奋不安等症状也时有发生。