牛肺疫在肺部引起明显的病理变化。受感染的牛肺组织常出现肺炎的病理变化，包括肺泡充血、肺泡和细支气管壁增厚、肺泡间隔充血、渗出物和炎性细胞浸润等。此外，肺泡腔内可能出现大量的渗出液，导致肺泡腔内积液，进一步影响气体交换和呼吸功能。
牛肺疫还可引起心包和胸膜的病理变化。在牛肺疫的发展过程中，病原体可能通过血液循环侵入心包和胸膜，引起心包炎和胸膜炎的病理变化。心包和胸膜炎的表现包括心包腔和胸腔内渗出物的积聚，导致心包和胸腔腔隙的增加以及心包和胸膜的粘连。
此外，牛肺疫还可引起肠道的病理变化。受感染的牛可能出现消化道症状，包括食欲减退、腹泻等。病理变化方面，牛肺疫可引起肠黏膜的充血和炎症，导致肠道功能受损。