可采用以下杀菌剂或配方进行防治:560g/L噻菌·百菌清悬浮剂600—1000倍液;50%异菌脲悬浮剂1000—1500倍液;40%氟硅唑乳油3000—5000倍液+70%代森锰锌可湿性粉剂600—1000倍液;25%嘧菌酯悬浮剂。
花器染病，由褐变黑，脱落或掉到枝上。果实染病，变褐软腐，果梗呈灰白色或褐色。湿度大时，病部密生白色或灰白色的毛状物，顶生黑色肉眼可见的大头针状、球状体。辣椒褐腐病的病因：属接合菌亚门真菌。大小孢子囊都产生，多生在同一菌丝上，大孢子囊生在直立不分枝的孢囊梗顶端；分生孢子梗直立；主轴顶端呈双叉状分枝，孢子囊直径30～60微米，孢囊孢子两端各具一束纤毛。为害茄果类、瓜类、豆类的花器和果实。