根腐病属于真菌性病害，一般多在3月下旬至4月上旬发病，5月进入发病盛期，其发生与气候条件关系很大。苗床低温高湿和光照不足，是引发此病的主要环境条件。可用中威快活林的复生灵稀释1000-1200倍，移栽前均匀喷施土球或移栽后浇灌根系一周，然后浇透水。不仅可以防治根部病害，还可促使老化根系复苏，萌发新的有效根系，提高树木抗病和复壮能力。
感病植株表现为根部腐烂，并伴有异臭发生，根皮与木质部分离，且木质部呈黑色，地上部分的叶片小，叶片部分失绿，幼苗、成年植株、老熟植株均可感染该病，但主要发生在苗圃和成年花椒园中。为害重时，造成整株植株死亡。
受害植株根部变色腐烂，有异臭味，根皮与木质部脱离，木质部呈黑色。地上部分叶形小而色黄，枝条发育不全，严重时全株死亡。