1、先杀秧后收获。在马铃薯收获前10天，使用杀秧剂杀秧后，全田喷施一次氢氧化铜60克/亩，促进薯皮老化，保护地下薯块避免病菌侵染，减少储藏期的烂薯率。
2、晾晒薯块。选择晴天收获，将收获后的薯块晾晒2-3天后，先放在通风良好的室内或棚内预贮20-30天，待水分散失后再入窖贮放。注意预贮期间防止日光照射，以免引起薯块变绿变味。
3、清洁窖体，熏蒸消毒。薯块贮藏期间，将窖内清理干净。可每立方米用40%甲醛32毫升，水16毫升，高锰酸钾16克，将甲醛和水倒入瓷器后，再加入高锰酸钾，稍加搅拌后关闭窖门和通气口，熏蒸48小时后打开窖门和通气口，通风24小时后待用。
4、薯块消毒。马铃薯田间生长期间发病严重的地区，在窖藏前可用20%代森锰锌可湿性粉剂或80%丙森锌可湿性粉剂500倍液喷洒薯块，晾干后再入窖贮藏。
5、防止薯块创伤，入窖前剔除病薯。在马铃薯收获、拉运、晾晒、贮藏过程中造成的伤口是病菌入侵的主要途径，因此在上述搬运过程中一定要轻拿轻放。特别是在入窖前一定要剔除病薯、烂薯，这是预防马铃薯窖藏期间因病害传播而引起烂窖的关键。
6、控制窖温。马铃薯入窖后要做好窖内的温、湿度管控，保持窖内排气通畅，使窖温控制在5℃-10℃之间。如贮藏期间温、湿度偏高时，要排气降温降湿，保持通风干燥，发现病薯、烂薯要及时捡除。