①避免大豆连作或与向日葵油菜轮作或邻作与禾本科作物轮作一年以上有明显效果②病田收获后应深翻，将表土层的菌核翻入土中;及时清除或烧毁残茎以减少菌源大豆封垄前及时中耕培土，防止菌核萌芽出土或形成子囊盘注意排淤治涝，平整土地，防止积水和水流传播③汰除种子中混杂的菌核④菌核萌发出土后至子囊盘形成盛期，于土表喷洒50%速克灵可湿性粉剂，每亩约30~60克，加水40~50千克喷雾用50%多菌灵可湿性粉剂每亩100克或30%菌核利可湿性粉剂50克/亩，加水50千克也有良好效果，但在发病后喷洒植株表面效果较差。
菌核病病菌子囊盘发生期与大豆开花期的重叠盛期是菌核病的防治最佳期，此时可喷施50%速克或40%菌核净可湿性粉剂1000倍液、50%扑海因可湿性粉剂1200倍液、50%多菌灵可湿性粉剂500倍液等。
做好大田管理及病虫害防治。
(1)水肥管理及时排除田间积水，降低田间湿度。适当控制氮肥的用量，防止大豆徒长。合理搭配N、P、K比例，增施钾肥，培育壮苗，有机肥应经过彻底腐熟后再施用。(2)药剂防治在田间出现病株时，及时施用化学药剂，可有效地控制病情的蔓延和流行，一般隔7天喷雾一次，效果更好。
大豆菌核病病害发生后，结合气候条件，加强病情调查，及时药剂防治是生产上比较有效的控制措施。大豆菌核病病菌子囊盘发生期与大豆开花期的重叠盛期是大豆菌核病的防治适期。喷施50%速克或40%菌核净可湿性粉剂1000倍液；50%扑海因可湿性粉剂1200倍液；可喷施50%多菌灵可湿性粉剂500倍液，用药量600千克/公顷。研究试验表明，农利灵和速克灵防效最好，分别为93.4%和91.8%最佳喷药时期为大豆开花接荚期。两次喷药效果明显高于一次喷药，两种药剂混用（农利灵+速克灵）防效明显高于一种药剂单用，扑海因和甲基托布津还有增产作用。
合理密植，选用抗病品种，发病期提早预防，做到早发现早治疗。