整个生育期均可发病，造成茎秆、茎基、花盘及种仁腐烂。常见的有根腐型、茎腐型、叶腐型、花腐型4种症状，其中根腐型、花腐型受害重。根腐型从苗期至收获期均可发生，苗期染病时幼芽和胚根生水浸状褐色斑，扩展后腐烂，幼苗不能出土或虽能出土，但随病斑扩展萎蔫而死。
向日葵花期遭受菌核病侵害后对向日葵的产量和质量影响很大。其损失大小决定于花盘的受害程度。发病最重的产量比无病的下降45%以上,百粒重降低31.0%,容重和种仁重也都下降而皮壳率却增加32.37%,籽仁的蛋白质含量和含油量也分别下降17.14%和2.05%。
可造成茎秆、茎基、花盘及种仁腐烂。