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一、多菌灵对毛霉、根霉的防治效果较差，在施用多菌灵时应适当提高培养料的pH值，以抑制毛霉、根霉的生长。由于多菌灵耐高温，施用时最好将培养料进行高温灭菌处理，以杀灭霉菌。
二、用多菌灵拌料时一定要严格控制药液的浓度。生产中施用的多菌灵一般为含量50%的粉剂，用量以占干料重的0.1%为宜。若加大用量，会影响菌丝的生长。拌料时要先把药剂溶入足量的水中充分搅拌均匀，然后拌料，以免发生点片污染。
三、多菌灵在碱性环境中容易分解失效，因此拌料时不能同时施用石灰。另外，还应注意与其他杀菌剂交替施用。
