杨梅的花小，无花被，属风媒花，花性和株性较复杂。在自然林分中，既有单一的雌株，也有单一的雄株，还有少量的雌雄同株。雌花为柔荑花序，有朱红、淡红、深黄、淡黄色。每一结果枝一般有4~26个雌花序，每一雌花序有7~20朵花，柱头二裂，呈蚕蛾须状开张，同一花序中的花朵自上而下开放。授粉后，一个花序只有1~3个胚珠迅速膨大，形成1~2个果实，其他花朵自行脱落，花序即发育成果梗。
杨梅的雄花为复柔荑花序，朱红色或淡红、深黄、淡黄色，花期先于雌花20多天，长达1个多月。一般雄花枝上着生花序10~60个，叶腋着生花序1~4个（呈条状、丛生状排列，有长穗和短穗之别），每一花序由15~36个小花序组成，每一小花序有4~6朵花，每朵花具雄蕊2枚。花丝白色，花药肾形，基部联合，内纵裂，花粉多。
杨梅结果枝分以下4种。
1、徒长性结果枝：长度30厘米以上，先端着生少数花芽，仅少数结果。
2、长果枝：枝细，15~30厘米长，先端5~6芽为花芽，不够充实，坐果率较低。
3、中果枝：长5~15厘米，除顶芽为叶芽外，其下10余节几乎全部为花芽，是最佳的结果枝。
4、短果枝：长度小于5厘米，最短的仅1~2厘米，其上的芽全为花芽，结果良好。
杨梅多数品种以中短果枝结果为主。当结果枝占全树总枝数40%左右时，易连年丰产稳产；当结果枝比例超过60%时，则大小年现象较明显。杨梅坐果率约2%~5%，结果枝上的花序以顶端1~5节的坐果率最高，特别是第1节占绝对优势，约占总果数的20%~45%。
杨梅的花芽分化过程可依序划分为生理分化期、形态分化期和性细胞形成期。花芽的生理分化期在7月中旬至10月中旬；形态分化期在7月中旬至翌年开花前；性细胞形成期在11月至翌年开花授粉前的春梢萌发期。杨梅的花芽分化取决于前期充足的养分和适宜的气候条件，如前期结果太多，树体养分消耗大，则花芽分化少，翌年产量低。