由真菌半知菌亚门腐皮镰孢霉菌侵染引起。病菌以厚垣孢子、菌核或菌丝体在土壤中越冬，成为翌年主要初侵染源，病菌从根茎部或根部伤口侵入，通过雨水或灌溉水进行传播和蔓延。浙江及长江中下游地区辣椒根腐病的主要发病盛期为3～6月。辣椒的感病生育期在成株期。地势低洼、排水不良、田间积水、连作及棚内滴水漏水、植株根部受伤的田块发病严重。年度间春季多雨、梅雨期间多雨的年份发病严重。
辣椒根腐病发病规律是病菌借着土壤进入辣椒根部伤口或根尖蔓延叶部。
辣椒根腐病的病原菌为腐皮镰孢菌，一般在土壤可以存活10年以上，病菌传播渠道主要靠肥料、工具、雨水及流水传播。其发生与温度、湿度关系密切，22℃～26℃最适合发病，湿度越大发病越重，大水漫灌发病重，小水勤浇发病轻。