木瓜缺硼会叶片变小，叶柄缩短，幼叶叶尖变褐枯死，叶片可卷曲、脱落，雌花可变雄花，花常枯死。果实很小时就大量脱落。在果实、嫩叶、花、茎干上有乳汁流出，并在流出部位有白色干结物。果实在幼果期乃至成熟初期均有乳汁流出的症状，且多在果实向阳面流出，果皮流出汁液后会慢慢溃烂、变软，溃烂部分会变褐色，没有溃烂的果实会有瘤状突起，凹凸不平。严重的病果种子退化败育，幼嫩白色种子变成褐色坏死。
果实会呈现瘤状突起，但仍保持绿色。果肉硬化，风味变劣，无食用价值，叶片卷缩落果等症状。
木瓜缺硼先表现在植株的上位叶片，幼苗直立而难于展—开，叶片小，畸形，厚而硬，叶柄短，叶柄稍有裂痕，节间萎缩并出现流胶；木瓜植株后期顶芽生长停止，局部坏死，叶柄裂开，叶片变黑，进而茎顶端断落、皱缩；木瓜果实常见异常，果面出现凹凸不平的瘤肿且流出白色乳汁，部分果实木栓化，种子发育不全，失去商品价值。