选择抗生素是治疗鸡大肠杆菌病的常用方法之一。但是，由于抗生素滥用导致细菌耐药性增加，选择合适的抗生素非常重要。常用的抗生素包括金霉素、氟喹诺酮类药物、磺胺类药物等。这些药物可以通过抑制细菌的生长和复制来达到治疗的效果。然而，需要注意的是，抗生素的使用应该遵循科学、合理的原则，避免滥用和过量使用。
益生菌的应用也是治疗鸡大肠杆菌病的一种有效方法。益生菌可以在肠道内形成一种良性菌群，提高鸡类的免疫力，抵抗外界病原微生物的侵袭。常用的益生菌有嗜酸乳杆菌、乳酸菌等，可以通过饲料添加剂的形式供给给鸡类食用。益生菌的应用可以有效地减少鸡大肠杆菌的数量，维持肠道菌群的平衡。
此外，中草药的应用也是治疗鸡大肠杆菌病的一种选择。中草药可以通过调节机体的内环境，增强鸡类的免疫力，从而达到治疗的效果。常用的中草药有黄芪、苦参、葛根等。中草药的应用需要根据具体病情来确定剂量和使用方法，可以通过水剂、粉剂等形式给鸡类口服。