一、有机肥料腐熟后，有机质的分解不仅会增加肥料中的有效养分，还会使肥料中的有机质由硬变软，质地由不均匀变得均匀，并在腐熟过程中杀死大部分杂草种子和病菌、虫卵，从而更加符合农业生产的要求。二、富含有机质的有机肥料，其养分形态绝大多数是迟效性的，作物不能直接吸收利用，如果把未腐熟的有机肥料施入土壤中，往往由于分解缓慢，不但当季肥效差，同时还会滋生杂草和传播病菌、虫卵等。所以在农业生产上，常在施用前采取堆积的方式使农家肥腐熟。腐熟还能使农家肥释放养分，提高肥效，避免肥料在土壤中腐熟时产生某些对农作物不利的因素。
农家肥充分腐熟可以杀灭里面的病菌和虫卵。
农家肥通过发酵后杀死肥内的病原微生物和寄生虫，而且入地后不烧苗，充分发挥肥力。
未腐熟的有机肥使用后会1.烧苗、熏棵、死株，2.盐化棚内土壤，造成土地板结，3.诱发各种病虫害，4.抗生素和重金属危害。
农家肥充分腐熟后可杀灭里面的病菌和虫卵（寄生虫）、消除氨气，避免灼伤禾苗。
这样做的好处是，可以充分发挥杀菌和杀虫作用，有利于提高腐植酸的利用效率。