1、拌种，小麦茎基腐病的防治方法，选择抗病能力强的品种种植，播种前通过种衣剂进行拌种可以有效地进行预防。2、精细整地，在播种小麦之前，收获玉米之后，秸秆马上进行精细粉碎，每亩地至少均匀撒施40~50公斤尿素，然后用旋耕机进行旋耕，帮助秸秆腐熟，经过秸秆粉碎之后，至少间隔25天左右让秸秆充分氧化分解，然后进行撒施各种肥料，氮磷钾肥料配合使用。进行犁翻土地30公分，将粉碎后的玉米秸秆翻入地下，进行耙平，做到土壤上暄下实。这样处理的地块，可大大减轻病害的发生。3、药剂防治，在冬前或者年后小麦返青起身期，进行小麦基部喷洒杀菌剂，可使用30%甲霜恶霉灵800倍液+600倍液中生菌素+有机硅农药增效剂。
小麦茎基腐病可以采用拌种或者包衣的方法进行预防。
拌种是防治小麦赤霉病最有效。