病菌在病树皮和木质部表层蔓延越冬。早春产生分生孢子，遇雨由分生孢子器挤出孢子角。分生孢子分散，随风周年飞散在果园上空，萌发后从皮孔、果柄痕、叶痕及各种伤口侵入树体，在侵染点潜伏，使树体普遍带菌。6～8月树皮形成落皮层时，孢子侵入并在死组织上生长，后向健康组织发展。翌春扩展迅速，形成溃疡斑。病部环缢枝干即造成枯枝死树。
苹果腐烂病发病规律：腐烂病病原菌以菌丝体、分生孢子器和子囊壳等形式在病株、病残体上越冬。翌春借助风力、雨水飞溅和昆虫传播，主要通过伤口（如冻伤、修剪伤和虫伤等），尤以冻伤侵入为主，每年有春季和秋季2个发病高峰。春季高峰期在3～4月，主要是因为春季温度上升，适于病原物扩散，此时发病较重。秋季高峰期在7～9月，皮层病菌扩展，花芽分化及果实生长消耗大量营养，树势变弱导致病害发生，但此时温度下降，发病较轻。苹果腐烂病发生程度与树势等密切相关，树势衰弱发病重。