菠菜猝倒病的病原以卵孢子在12～18厘米表土层越冬，并在土中长期存活。春天遇有适宜条件萌发产生孢子囊，以游动孢子或直接长出芽管侵入寄主。菠菜猝倒病在田间的再侵染主要靠病苗上产出孢子囊及游动孢子，借灌溉水或雨水溅射传播蔓延。
病菌生长适宜地温15～16℃，温度高于30℃受到抑制；适宜发病地温10℃，低温对寄主生长不利，但病菌尚能活动，尤其是育苗期出现低温、高湿条件，利于发病。当幼苗子叶养分基本用完，新根尚未扎实之前是感病期。这时真叶未抽出，碳水化合物不能迅速增加，抗病力弱，遇有雨、雪连阴天或寒流侵袭，地温低，光合作用弱，幼苗呼吸作用增强，消耗加大，致幼茎细胞伸长，细胞壁变薄病菌乘理机侵入。